1959
1959-1965.
Pada sidang yang dilaksanakan tanggal 22 Desember 1951, akhirnya usulan tersebut diterima dengan Surat Ketetapan PB No. 180 D tanggal 1 Jumadil Akhir 1371/27 Februari 1952.
Berdasarkan surat tersebut, perwakilan PB Wilayah Jawa Timur dibentuk dan ditetapkan. H Abdul Hadi (Ketua), dibantu M Saleh Ibrahim, Soewandhi, Rajab Gani, dan Nurhasan Zain.PWM Jawa Timur mulai ditetapkan di tahun 1959-1962 dengan struktur kepemimpinan M Saleh Ibrahim (Ketua) dan Anggota: Soedirman, H Abdul Hadi, Nurhasan Zain, dan M Turchan Badri. Kepemimpinan ini berlangsung hingga periode selanjutnya yaitu tahun 1962-1965.
1965
1965-1968
Pada perkembangan selanjutnya, PWM Jawa Timur periode tahun 1965-1968 dijabat oleh Usman Muttaqin (Ketua), serta KH Bejo Dermaleksana dan HM Anwan Zaini sebagai Wakil Ketua.
1968
1968-1981
Kemudian dilanjutkan KH M Anwar Zain tahun 1968 yang terpilih kembali dalam Musyawarah Wilayah yang dilaksanakan pada tanggal 26-27 Dzulqa’dah 1399/28-29 Oktober 1978 untuk kepemimpinan periode tahun 1978-1981.
Dia dibantu Dr Moh Suherman, Dr Mutadi, dan HM Amien Barowi (Wakil Ketua); M Amin Hamdan, Nurhasan Zain, dan Marchum Anwar BBA (Sekretaris); Sismono, M Fuad Faqih, dan Drs Noto Adam (Bendahara).
Struktur kepemimpinan tersebut berlangsung cukup lama karena pelaksanaan Musyawarah Wilayah harus menunggu Muktamar Ke-41 Muhammadiyah di Kota Surakarta yang telah mengalami penundaan karena adanya tarik ulur tentang pemberlakuan Undang-Undang 8/1985 mengenai organisasi lemasyarakatan yang mewajibkan setiap organisasi mencantumkan Pancasila sebagai asal sebuah organisasi.
1981
1981-1985
Dia dibantu Dr Moh Suherman, Dr Mutadi, dan HM Amien Barowi (Wakil Ketua); M Amin Hamdan, Nurhasan Zain, dan Marchum Anwar BBA (Sekretaris); Sismono, M Fuad Faqih, dan Drs Noto Adam (Bendahara).
Struktur kepemimpinan tersebut berlangsung cukup lama karena pelaksanaan Musyawarah Wilayah harus menunggu Muktamar Ke-41 Muhammadiyah di Kota Surakarta yang telah mengalami penundaan karena adanya tarik ulur tentang pemberlakuan Undang-Undang 8/1985 mengenai organisasi lemasyarakatan yang mewajibkan setiap organisasi mencantumkan Pancasila sebagai asal sebuah organisasi.
1986
1986-1989
Pada tahap selanjutnya, KH M Anwar Zain kembali terpilih sebagai Ketua PWM Jawa Timur pada Musyawarah Wilayah yang dilaksanakan pada 8 Februari 1986.
Susunan kepemimpinannya yaitu Nurhasan Zain, M Wisatmo, dan H Mas’ud Atmodiwiryo (Penasihat). Dr H Mutadi, H Abdurrahum Nur Lc, Drs H Amir Hamzah W, dan HM Amin Barowi (Wakil Ketua).
Lalu M Mustaqim Fadhil (Sekretaris); Abdul Madjid Hamzah (Wakil Sekretaris); Drs Noto Adam (Bendahara); M Fuad Faqih dan H Supardi (Wakil Bendahara). Struktur kepemimpinan telah tersusun dengan rapi namun, KH M Anwar Zain tidak mampu menyelesaikan tugasnya hingga akhir dikarenakan meninggal dunia pada Desember 1989. .
1990
1990-1995
Pada musyawarah wilayah pimpinan (musypimwil) yang diadakan di Kediri tahun 1990, diajukanlah tiga orang calon yang dirasa mampu untuk mengisi kekosongan jabatan Ketua PWM Jatim kepada PP Muhammadiyah. Yaitu yaitu Dr H Mutadi, HM Amin Barowi, dan H Abdurrahim Nur Lc. Terpilihlah KH Abdurrahim Nur Lc sebagai Ketua PWM Jatim.
Abdurrahim Nur kembali terpilih dalam Musyawarah Wilayah yang diadakan di Asrama Haji Surabaya untuk periode tahun 1990-1995.
Struktur organisasinya yaitu KH Abdurrahim Nur Lc sebagai Ketua, Drs H Isro Kusnoto dan Drs H M Hasyim Manan MA (Wakil Ketua), Drs M Wahyudi (Sekretaris), Drs H Nurcholis Huda (Wakil Sekretaris), H M Amin Barowi (Bendahara), dan Drs H Kuslan MA (Wakil Bendahara).
1995
1995-2000
Pada periode selanjutnya, KH Abdurrahim Nur Lc kembali terpilih menjadi ketua dalam Musyawarah Wilayah yang diadakan di Malang tahun 1995.
Struktur kepemimpinannya yaitu KH Abdurrahim Nur Lc (Ketua), Drs H Munawar Thohir dan Dr H Fasich Apt (Wakil Ketua), Drs H M Wahyudi Indrajaya dan Drs H Nurcholis Huda (Sekretaris), Ir H Sulaiman dan H Admiral Manan (Bendahara), Drs H Kuslan MA (Koordinator Bidang Tarjih dan Tabligh).
Lainnya: Dr H Mutadi (Koordinator Bidang Sosial Ekonomi Kesehatan), Drs H Ahmad Adjib (Koordinator Bidang Bidang Pendidikan dan Kebudayaan), Drs H Muhadjir Sulthon (Koordinator Bidang Bidang Organisasi dan Kelembagaan), Drs H Isro’ Kusnoto (Koordinator Bidang Kader dan Sumber Daya Manusia), dan KH Mu’ammal Hamidy Lc (Koordinator Bidang Bidang Ekstern).
2000
2000-2005
Kemudian melalui Musywil Ke-12 pada 28-29 Oktober 2000 yang diadakan di Magetan 28-29 Oktober 2020, kepemimpinan KH Abdurrahim Nur Lc digantikan oleh Prof Dr H Fasich Apt.
Struktur kepemimpinan periode tahun 2000-2005 sebagai berikut: Prof Dr H Fasich Apt (Ketua), KH Abdurrahim Nur Lc (Penasehat), Prof Syafiq A Mughni MA, Drs H Muhadjir Effendy dan KH Mu’ammal Hamidy sebagai (Wakil Ketua), Drs H Nur Cholis Huda MSi (Sekretaris), Nadjib Hamid (Wakil Sekretaris), Drs H Abdul Rahman Aziz (Bendahara), Drs Achmad Achsin MM (Wakil Bendahara).
Lalu Dr Achmad Jainuri MA (Pembina Bidang Pendidikan dan Litbang), Dr H Thohir Luth MA (Pembina Bidang Politik, Hak Asasi Manusia, dan Hubungan Ekstern). Ir H R Sulaiman (Pembina Bidang Ekonomi dan Pemberdayaan Masyarakat), Dr H Syamsul Islam SpMk MKes (Pembina Bidang Kesehatan dan Kesejahteraan Masyarakat), H Admiral Manan (Pembina Bidang Kaderisasi dan Organisasi), dan Prof Dr H Imam Muchlas (Pembina Bidang Tarjih dan Tabligh)
2005
2005-2010
Muyswil Ke-13 Muhammadiyah Jatim di Madiun 10-11 Desember 2005 menghasilkan struktur PWM Jatim periode 2005-2010: Penasihat Prof Dr H Fasich Apt. Ketua Prof Dr H Syafiq A. Mughni MA. Wakil Ketua Drs H Nur Cholis Huda MSi; KH Mu’ammal Hamidy Lc; Dr H Muhadjir Effendy MAP. Sekretaris H. Nadjib Hamid MSi; Wakil Sekretaris Ir H Tamhid Masyhudi; Bendahara Ir H Imam Sugiri MM; Wakil Bendahara Drs M Nidzhom Hidayatullah.
Koordinator Bidang Pendidikan dan Kebudayaan Prof Dr H Achmad Jainuri MA; Koordinator Bidang Kesejahteraan dan Pemberdayaan Masyarakat Prof Dr H Thohir Luth MA; Koordinator Bidang Kebijakan Publik dan Kehartabendaan: Prof Dr H Zainuddin Maliki MSi; Koordinator Bidang Tajdid dan Tabligh Dr H Saad Ibrahim MA; Koordinator BidangPengembangan Usaha dan Keuangan Drs HM Sulthon Amien MM.
2010
2010-2015
Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur Periode 2010-2015 hasil Musywil Ke-14 di Jember: Penasihat: Prof Dr H Fasich Apt dan Prof Dr H Syafiq A. Mughni MA
Ketua Prof Dr H Thohir Luth MA. Wakil Ketua: Drs H Noer Cholis Huda Msi; Dr H Muhadjir Effendy MAP; KH Mu’ammal Hamidy Lc; Prof Dr H Achmad Jainuri MA; Prof Dr H Zainuddin Maliki MSi; Dr H Saad Ibrahim MA; Drs HM Sulthon Amien MM; Prof Dr Imam Robandi MT; Dr dr H Sukadiono MM
Adapun yang menjadii Sekretaris H Nadjib Hamid MSi; Wakil Sekretaris lr H Tamhid Masyhudi, dan Bendahara Drs H Saifuddin Zaini MPd
2015
2015-2020
Dari Musywil Ke-15 di Sidoarjo terpilih Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur Periode 2015-2020, yaitu: Penasihat: Prof Dr H Fasich Apt; Prof Dr H Syafiq A. Mughni MA; Prof Dr H Muhadjir Effendy MAP.
Ketua: Dr HM Saad Ibrahim MA; Wakil Ketua: Drs H Nur Cholis Huda MSi; Prof Dr H. Zainuddin Maliki Msi; Prof Dr H Achmad Jainuri MA; Prof Dr H Thohir Luth MA; H. Nadjib Hamid Msi; Dr HM Sulthon Amien MM; Ir H Mohammad Nadjikh; Prof H Dr Imam Robandi MT; dan Dr H Syamsudin MAg.
Sementara Sekretaris Ir H Tamhid Masyhudi; Wakil Sekretaris Dr H Biyanto MAg; dan Bendahara Dr dr H Sukadiono MM.
Di tengah perjalanan terjadi perubahan susunan anggota PWM Jatim. Dr Hidayatulloh MSi menggantikan Prof Imam Robandi yang mengundurkan diri. Kemudian dua orang wafat yaitu Mohammad Nadjikh dan Nadjib Hamid. Prof Zainuddin Maliki juga mengundurkan diri karena menjadi Pjs Ketua DPW Partai Amanat Nasional (PAN) Jawa Tengah.